ゲノム解析情報（Bio-mirror）利用のご案内

当センターのBio-mirrorは、2019年6月27日をもってサービスを終了しました。
今後は「データ提供サイト」の情報を参考にして、提供元などから直接データを入手してください。

概要

筑波産学連携センターでは、日本のBio-mirrorサーバであるbio-mirror.jp.apan.netを運用しています。

ミラーしている主な提供データベースは以下のとおりです。

BlastDB（Biosequence databases for BLAST searches）

DDBJ（DNA Data Bank of Japan）

GenBank（GenBank Sequence Database）

EMBL（The EMBL Nucleotide Sequence Database）

利用方法

Webサイトより利用 http://bio-mirror.jp.apan.net/ 2019.6.27サービス終了

anonymousFTPより利用 ftp://bio-mirror.jp.apan.net/pub/biomirror/ 2019.6.27サービス終了

SCSより利用（SCS上で解析する際に便利） ※2019年3月（DDBJは2019年6月）最終更新のアーカイブ

フロントエンドサーバへSSHでログインします。

ディレクトリ /genome 配下にて提供データを直接参照できます。

ファイルは圧縮形式（*.tar.gz）で置かれていますので、homeディレクトリやlfs領域へコピーし展開の上ご使用下さい。
（lfs領域はしばらく使わない古いファイルは放置せず削除して下さい）

データ提供サイト（参考）

Bio-mirrorでミラーの対象となっていたデータベースについて、提供元の情報を掲載します。
サイトURLは2019年6月調べとなっています。提供元により変更が生じる可能性がありますので、あらかじめご了承ください。
データの入手方法など詳しくは、提供元の情報をご確認ください。

・1000 Genomes データの ftp 提供開始（DDBJ（国立遺伝学研究所））
https://www.ddbj.nig.ac.jp/news/ja/190528.html

データベース名	説明	サイトURL（主にFTP）	提供元
BlastDB	Biosequence databases for BLAST searches	(Web) https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (FTP) ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/	NCBI
Blocks	Highly conserved regions of proteins	ftp://ftp.ncbi.nih.gov/repository/blocks/unix/	NCBI
DDBJ	DNA Data Bank of Japan	ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/	DDBJ
EMBL	The EMBL Nucleotide Sequence Database	ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/	EMBL-EBI
Ensembl Human	Automatic annotation on eukaryotic genomes	ftp://ftp.ensembl.org/pub/	Ensembl
Enzyme	Enzyme nomenclature database	ftp://ftp.expasy.org/databases/enzyme/	ExPASy
GenBank Genomes	Whole genome sequence section of GenBank	ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/	NCBI
GenBank	GenBank Sequence Database	ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/	NCBI
GeneOntology	Vocabularies of gene functions and roles	ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/	GeneOntology
InterPro	InterPro Protein databank	ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/	EMBL-EBI
PDB	Protein Data Bank of 3-D macromolecular structures	ftp://ftp.rcsb.org/pub/pdb/	RCSB
Pfam	Pfam database	(Web) https://pfam.xfam.org/ (FTP) ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam	EMBL-EBI
Prosite	Database of protein families and domains	ftp://ftp.expasy.org/databases/prosite/	ExPASy
Rebase	The Restriction Enzyme Database	ftp://ftp.neb.com/pub/rebase	NEB
RefSeq	NCBI Reference Sequences	ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/	NCBI
SRS Databanks	List of active SRS databases around world	ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/databanks/	EMBL-EBI
SWISS-PROT	Annotated protein sequence database	ftp://ftp.expasy.org/databases/swiss-prot/	ExPASy
Taxonomy	Species names	ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/	NCBI
TrEMBL	A supplement to SWISS-PROT	ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/trembl/	EMBL-EBI
UniGene	Unique Gene Sequence Collection for Human, Mouse, Rat, and Zebrafish	ftp://ftp.ncbi.nih.gov/repository/UniGene/	NCBI