bio-mirror
ゲノム解析情報（Bio-mirror）利用のご案内
当センターのBio-mirrorは、2019年6月27日をもってサービスを終了しました。
今後は「データ提供サイト」の情報を参考にして、提供元などから直接データを入手してください。
概要
筑波産学連携センターでは、日本のBio-mirrorサーバであるbio-mirror.jp.apan.netを運用しています。
ミラーしている主な提供データベースは以下のとおりです。
- BlastDB（Biosequence databases for BLAST searches）
- DDBJ（DNA Data Bank of Japan）
- GenBank（GenBank Sequence Database）
- EMBL（The EMBL Nucleotide Sequence Database）
利用方法
Webサイトより利用 http://bio-mirror.jp.apan.net/2019.6.27サービス終了anonymousFTPより利用 ftp://bio-mirror.jp.apan.net/pub/biomirror/2019.6.27サービス終了- SCSより利用（SCS上で解析する際に便利） ※2019年3月（DDBJは2019年6月）最終更新のアーカイブ
- フロントエンドサーバへSSHでログインします。
- ディレクトリ /genome 配下にて提供データを直接参照できます。
- ファイルは圧縮形式（*.tar.gz）で置かれていますので、homeディレクトリやlfs領域へコピーし展開の上ご使用下さい。
（lfs領域はしばらく使わない古いファイルは放置せず削除して下さい）
データ提供サイト（参考）
Bio-mirrorでミラーの対象となっていたデータベースについて、提供元の情報を掲載します。
サイトURLは2019年6月調べとなっています。提供元により変更が生じる可能性がありますので、あらかじめご了承ください。
データの入手方法など詳しくは、提供元の情報をご確認ください。
・1000 Genomes データの ftp 提供開始（DDBJ（国立遺伝学研究所））
https://www.ddbj.nig.ac.jp/news/ja/190528.html
| データベース名 | 説明 | サイトURL（主にFTP） | 提供元 |
|---|---|---|---|
| BlastDB | Biosequence databases for BLAST searches | (Web) https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (FTP) ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ | NCBI |
| Blocks | Highly conserved regions of proteins | ftp://ftp.ncbi.nih.gov/repository/blocks/unix/ | NCBI |
| DDBJ | DNA Data Bank of Japan | ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ | DDBJ |
| EMBL | The EMBL Nucleotide Sequence Database | ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/ | EMBL-EBI |
| Ensembl Human | Automatic annotation on eukaryotic genomes | ftp://ftp.ensembl.org/pub/ | Ensembl |
| Enzyme | Enzyme nomenclature database | ftp://ftp.expasy.org/databases/enzyme/ | ExPASy |
| GenBank Genomes | Whole genome sequence section of GenBank | ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/ | NCBI |
| GenBank | GenBank Sequence Database | ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/ | NCBI |
| GeneOntology | Vocabularies of gene functions and roles | ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/ | GeneOntology |
| InterPro | InterPro Protein databank | ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/ | EMBL-EBI |
| PDB | Protein Data Bank of 3-D macromolecular structures | ftp://ftp.rcsb.org/pub/pdb/ | RCSB |
| Pfam | Pfam database | (Web) https://pfam.xfam.org/ (FTP) ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam | EMBL-EBI |
| Prosite | Database of protein families and domains | ftp://ftp.expasy.org/databases/prosite/ | ExPASy |
| Rebase | The Restriction Enzyme Database | ftp://ftp.neb.com/pub/rebase | NEB |
| RefSeq | NCBI Reference Sequences | ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/ | NCBI |
| SRS Databanks | List of active SRS databases around world | ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/databanks/ | EMBL-EBI |
| SWISS-PROT | Annotated protein sequence database | ftp://ftp.expasy.org/databases/swiss-prot/ | ExPASy |
| Taxonomy | Species names | ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/ | NCBI |
| TrEMBL | A supplement to SWISS-PROT | ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/trembl/ | EMBL-EBI |
| UniGene | Unique Gene Sequence Collection for Human, Mouse, Rat, and Zebrafish | ftp://ftp.ncbi.nih.gov/repository/UniGene/ | NCBI |
bio-mirror.txt · 最終更新: 2019/06/27 18:35